昭通在全省乃至全国生态区位十分突出，是长江上游重要的生态安全屏障。

　　全市共有脊椎动物671种，约占全国总数的11%，有国家重点保护野生动物65种，国家Ⅰ级保护哺乳动物有豹、云豹、林麝3种，鸟类有黑颈鹤、金雕、白尾海雕、白肩雕、黑鹳、四川山鹧鸪6种，黑颈鹤是昭通市的明星物种，去年到昭通市越冬的黑颈鹤数量高达1900多只，约占世界黑颈鹤总数的六分之一，创历史最高纪录。

　　全市共有木本高等植物457属1025种，约占全国木本高等植物属总数的12%，其中国家Ⅰ级保护植物有巧家五针松、攀枝花苏铁、银杏、珙桐、南方红豆杉、水杉、光叶珙桐7种，巧家五针松为昭通市独有，被誉为“植物界的大熊猫”。另外，昭通竹资源丰富，有竹类13属66种，属于全国首次发现并命名的就有18种，天然筇竹面积占全国的比重高达83.3%。 

　　曲靖素有“鱼的故乡”之称，是世界上独一无二的早期鱼类栖息和繁衍的天堂，当今世界上已发现的绝大多数古生代鱼类几乎都能在曲靖找到踪迹。4亿多年前，曲靖地处赤道附近的滨海环境，繁衍了地球上最早出现的肉鳍鱼类，曲靖因此被国际学术界公认为“4亿年前人类远祖的发祥地”。

　　目前，曲靖市已成为《中国生物多样性保护战略与行动计划》（2011—2030年）确定的内陆陆地和水域生物多样性保护优先区域当中“中南西部山地丘陵区”的重点保护对象，区域内动植物种类繁多，有种子植物199科、药用植物406种、食用植物108种、工业用植物236种、脊椎动物298种。

　　曲靖市共有39个自然保护地，占全市国土面积的12.66%，包括22个自然保护区、6个森林公园、7个风景名胜区、1个湿地公园、1个地质公园、1个沙漠公园、1个水利风景区。曲靖市自然保护区共分布珍稀濒危野生动物28科62种。

　　文山州是我国典型喀斯特地貌核心区，文山州蕴藏着大量古老珍稀物种资源，被专家誉为珍稀濒危物种避难所。目前，已掌握的野生植物种类共有332科948属4504种。列入《中国植物红皮书》的国家级保护珍贵濒危植物有42科46属74种，占国家保护名录种数的20.1%，占全省保护名录的47%；国家级保护树种21科31属34种，占全国保护树种总数的25%，占全省国家保护树种总数的40%。 

　　红河州是云南省两大生物多样性中心之一，是国家南部重要的生态安全屏障，也是我国重要的生物物种资源基因库。红河州生长着种子植物229科5667种（已知种），占全国的20.49%，占云南省的40.20%。多年来，红河州先后划建自然保护区、风景名胜区、森林公园等7种类型的自然保护地41处，面积达29.40万公顷，约占全州国土面积的9.13%，初步形成类型丰富、功能多样的自然保护地体系，有效保护了全州90%的重要生态系统和85%的重点保护野生动植物及重要自然遗迹。

　　目前，全州134个集中式饮用水水源地保护区划定全部完成；个旧市、开远市、蒙自市环境空气质量优良率比“十二五”末分别提高12.6个百分点、9.3个百分点、1.8个百分点；个旧市58座粗铅冶炼鼓风炉全部淘汰关停；203家“散乱污”企业全部完成整治；“清废行动”40个部级挂牌点位全面完成整治；受污染耕地安全利用进度和重度受污染耕地安全利用进度均达到100%。2017年，红河州被国务院列为环境质量改善明显的4个州市之一，受到表彰。

　　西双版纳州是首批国家生态文明建设示范州、国家级风景名胜区、联合国教科文组织世界人与生物圈保护区网络成员，享有“生物基因库”等美誉。西双版纳生物多样性富集，有高等植物5000多种，占全国的五分之一；有动物2000多种，占全国的四分之一。

　　值得一提的是，西双版纳州生态科研成果丰硕，生态产业蓬勃发展，截至2020年，林业综合产值达1086亿元，比“十二五”时期增加了47.64%。

　　普洱是北回归线上生态保存最完整、生物种类最丰富的一片绿洲，森林覆盖率达74.59%，有全国近三分之一的物种在这里繁衍生息，被联合国环境署称为“世界的天堂，天堂的世界”。

　　普洱在持续构建生态文明建设中，主动探索实践绿色发展道路，着力健全生物多样性保护机制，在全省率先编制实施《云南省生物多样性保护战略行动计划普洱实施方案（2013—2020）》，颁布实施《普洱市古茶树资源保护条例》等系列地方性法规。在全省首家开展领导干部自然资源资产离任审计，编制云南省第一张自然资源负债表，提起云南省第一个生态环境损害赔偿公益诉讼案件，率先建立“河（湖）长+检察长”和“河（湖）长+警长”协作机制。

　　“十三五”期间，全市共投入2.34亿元资金，实施了亚洲象、西黑冠长臂猿等珍稀濒危动植物保护、国家湿地公园建设、重点区域水土流失治理、哀牢山自然文化遗产地保护等一批生物多样性保护项目。累计投入3亿多元在全省率先实施生态移民工程，把近2000户8000多人迁出了生态功能区。在全省率先开展森林火灾保险与野生动物肇事公众责任保险捆绑共同投保，逐年逐步提高各类补偿标准，切实维护受损群众的基本利益，建成4000余亩亚洲象食物源基地。 

　　临沧独特的地理区位滋养着万物生灵，生态系统和生物物种多样性丰富，是滇西南生物多样性重点保护区域，是极具保护和研究价值潜力的重要地区之一。独特的地理环境造就了丰富的森林资源、矿产资源、水电资源和生物资源。全市森林面积2487.3万亩，占全市国土面积的70.2%，森林覆盖率为70.2%，森林蓄积量1.17亿立方米；林地面积2290.7万亩，占全市国土面积的64.65%。临沧是全省2个森林面积超过林地面积的州市之一。

　　一直以来，临沧市高度重视生物多样性保护工作，在古茶树、巨龙竹、铁力木等的保护工作上取得显著成效。此外，生活在云南南滚河国家级自然保护区临沧市沧源县片区南滚河流域的亚洲象种群属于印度—缅北种群（β种群），与普洱、版纳种群（α种群）有明显的遗传差异，也是中国境内唯一的亚洲象β种群分布地。经调查，亚洲象种群数量为22至28头，近年来该保护区还首次发现“三豹同框”和有“蜘蛛巨人”之称的捕鸟蛛。云南永德大雪山国家级自然保护区内首次发现狼和豺，首次拍摄到国家一级保护野生动物西黑冠长臂猿（滇西亚种）活体照片，其种群数量达到3群10余只。