参军后，蔡有根立即投入战斗。他随军四处征战，还参加了淮海战役。他说，淮海战役上国民党军队有80万，解放军仅有60万。但在党的领导与人民群众的支持之下，战役最终以解放军的全面胜利告终。

1949年5月，在河北麻城百万大军过长江中，蔡有根因表现英勇荣获甲等功。过江后，他所在部队在广西钦州与国民党白崇禧兵团作战。当部队在钦州宿营时，听到中华人民共和国成立的消息，战士们激动万分，互相拥抱，庆贺新中国的成立。

后来，部队又继续南下，从广西百色进入贵州盘县，经云南富源，辗转至陆良召夸，与国民党残部展开激烈交战，1950年2月，蔡有根随部队进入昆明，获得了十四军颁授的特等功臣荣誉称号。

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到云南后，蔡有根先在腾冲保卫边疆，巩固国防，1956年调往陆良，两年后又到西盟边防八团任通讯连副连长，随后分别在昆明与墨江工作多年。1969年6月，蔡有根转业至陆良，先后担任陆良大修厂副厂长、陆良农机化学校书记等职，为建设祖国边疆做出了贡献。