文山州是我国古生代地层出露最丰富的地区之一，湿润的气候条件使得这里成为中国三大特有物种分布中心之一的“滇东南—桂西古特有中心”最为重要的部分，蕴藏了大量古老、珍稀特有物种资源。其中，木兰科植物最具代表性，是受到国际特别关注的古老珍稀植物，全球15属237种，中国有11属112种。根据调查，文山州有8属56种，属数占世界的53%、占中国的73%、占云南的80%，种数占世界的23%、占中国的50%、占云南的60%。西南林业大学教授杨宇明介绍，文山州丰富的裸子植物和木兰科高比例的特有种，反映了该区地质历史和生物地理区系上的古老性和特殊性。

根据调查，文山州已掌握的野生植物种类共有332科948属4504种。其中，包括华盖木、望天树、苏铁、伯乐树等国家Ⅰ级保护野生植物。“文山生物多样性富集。”云南大学生态与环境学院教授陆树刚介绍，文山州高等植物超过6000种，占云南的30%以上，占中国的15%以上。